Porém, os grandes naturalistas, Milne Edwards e Agassiz, insistiram energicamente que os caracteres embrionários são mais importantes do que quaisquer outros na classificação dos animais; e esta doutrina tem sido muito geralmente admitida como verdadeira. O mesmo facto se verifica nas plantas floríferas, das quais duas principais divisões foram estabelecidas em caracteres derivados do embrião - no número e posição das folhas embrionárias ou cotilédones, e no modo de desenvolvimento da plúmula e da radícula. Na nossa discussão sobre a embriologia, veremos porque tais caracteres são tão valiosos, segundo a perspectiva classificativa que inclui tacitamente a ideia de descendência.
As nossas classificações são amiúde manifestamente influenciadas por cadeias de afinidades. Nada será mais fácil do que definir uma série de caracteres comuns a todas as aves; mas, no caso dos crustáceos, tal definição tem sido até agora considerada impossível. Há crustáceos nos extremos opostos da série, que dificilmente têm um carácter em comum; porém, as espécies em ambos os extremos, por serem manifestamente próximas de outras, estas de outras, e assim sucessivamente, podem ser reconhecidas como inequivocamente pertencentes a esta e a nenhuma outra ordem dos Articulata.
A distribuição geográfica tem sido frequentemente usada na classificação, embora talvez não de uma maneira completamente lógica, mais especialmente em grupos muito vastos de formas intimamente próximas. Temminck insiste na utilidade ou mesmo na necessidade desta prática em certos grupos de aves; e tem sido seguida por muitos entomólogos e botânicos.
Finalmente, no que se refere ao valor comparativo dos vários grupos de espécies, tais como ordens, subordens, famílias, subfamílias e géneros, parecem, pelo menos por enquanto, quase arbitrários.
