O Romance conta a história do regresso de um jovem inconsciente à vila onde nascera. Uma vez aí chegado, apaixona-se pela noiva do irmão, o que desencadeia uma série de peripécias. As aventuras amorosas de Daniel chocam com a vida de duas órfãs, Clara e Margarida, entregues aos cuidados do reitor da aldeia. Em suma, As Pupilas do Senhor Reitor traduz a vida rural portuguesa da época.