A fertilidade, dos primeiros cruzamentos como dos híbridos, é mais facilmente afectada por condições desfavoráveis do que a fertilidade das espécies puras. Mas o grau de fertilidade é também inatamente variável; pois nem sempre é igual quando as mesmas duas espécies são cruzadas em circunstâncias semelhantes, mas depende em parte da constituição dos indivíduos que por acaso foram escolhidos para a experiência. O mesmo sucede com os híbridos, pois muitas vezes se constata que o seu grau de fertilidade difere largamente em diversos indivíduos criados a partir da semente da mesma cápsula e expostos exactamente às mesmas condições.
Pelo termo «afinidade sistemática» entende-se a semelhança entre espécies, em estrutura e em constituição, mais especialmente na estrutura de partes que são de elevada importância fisiológica e que diferem pouco nas espécies próximas. A fertilidade de primeiros cruzamentos entre espécies, e dos híbridos produzidos a partir destes, é amplamente regida pela sua afinidade sistemática. Isto mostra-se claramente pelo facto de nunca se ter criado híbridos entre espécies classificadas em famílias distintas pelos sistematizadores; e, por outro lado, pelo facto de as espécies intimamente próximas geralmente se unirem com facilidade. Mas a correspondência entre a afinidade sistemática e a facilidade de cruzamento não é de modo algum estrita.